全台灣唯一請不動的媽祖朴子配天宮開基媽祖選擇在千年樸樹下駐駕，建廟之初經媽祖指示將此棵千年樸樹上半段鉅斷，將下半部去樹皮後雕刻成配天宮的鎮殿媽祖。鎮殿媽祖為千年樸樹的下半部，因此此棵千年樸樹樹根仍盤結於地下，吸取大地靈氣，也因此配天宮鎮殿媽是全台灣唯一請不動的媽祖，無法出宮繞境。鎮殿媽祖手持奏板，高度大約五尺六，面容慈悲和藹。
神樹四季蘭配天宮正殿後方有一棵「神樹」─四季蘭，據廟方表示此棵神樹為民國九年配天宮組團赴湄洲祖廟謁祖進香時帶回種植。因與正殿僅一牆之隔，神樹的樹根與配天宮鎮殿媽千年樸樹的樹根盤結在一起，靈氣相通，枝葉茂盛。根據當地信徒表示若有病痛，只要將病痛處在樹幹上摩擦即可治癒，另外將四季蘭樹葉煮成茶水飲用更可以保佑平安。所以時常可以看到信徒大排長龍，只為了一親「神樹」之芳澤。

御賜燈花朴子配天宮擁有台灣唯一僅有的御賜燈花，每當農曆正月到三月媽祖誕辰的這段日子，可以在配天宮看到古時只有皇帝在其皇宮後花園可觀賞到的元宵燈花。這段時間廟內美輪美奐，有如清朝時期皇宮後花園再現。而配天宮的燈花是由清朝嘉慶皇帝所御賜的，其源由可追溯到清朝嘉慶年間。清朝時代，台灣官階最高的清朝官員為水師提督王得祿，因王將軍從小受到其兄長與兄嫂的養育和照顧，而王將軍又為清朝屢建戰功，有功於清朝，因此嘉慶皇帝十分倚重王得祿將軍。嘉慶皇帝也為了感念王將軍的兄嫂對王將軍的養育，因此邀請王將軍的兄嫂到北京皇宮內觀賞元宵燈花，但王將軍的兄嫂因為年紀已大不克前往，嘉慶皇帝為了讓王將軍兄嫂可以看到元宵燈花，故特別下旨允許王將軍得於其自宅中（今嘉義縣太保市）仿造皇宮後花園佈置元宵燈花。後來王將軍兄嫂便認為獨樂樂不如眾樂樂，因此把御賜燈花委託移至配天宮舉辦，由配天宮傳承御賜燈花的年度盛事一直至今。而這樣的機緣，也使得配天宮擁有全台灣甚至是全華人世界中唯一的御賜燈花活動，實可見配天宮具有豐富的文化資產。御賜燈花展期為農曆正月新年一直到農曆三月的媽祖誕辰，這段時間配天宮廟內外真是人山人海，而重頭戲的元宵節，還有也是全台灣唯一僅有的配天宮「燈花媽」乘坐「花轎」帶著民眾提燈籠在朴子街上進行踩街的活動。

牡丹花求子說朴子配天宮是台灣最靈驗的求子廟一點也不為過。配天宮求子的神明不是一般的求子神，而是主祀神─天上聖母媽祖。農曆正月到三月媽祖誕辰御賜燈花展期這段時間可看到配天宮正殿內有兩株牡丹花樹，一株為白色，另外一株為紅色。欲求子者於牡丹樹旁燒香像媽祖稟告自己的各項資料及其欲求白花還是紅花，求白花即求生兒子，求紅花即求生女兒。稟告完後15分向媽祖擲筊杯，必須連續得到三聖杯方可將牡丹花攜回自宅房間。來此求過牡丹花的許多夫婦都在媽祖的保佑下生得兒子跟女兒，相當靈驗。因此常可在許多的網路討論板上或是電視節目上看到對配天宮求子的介紹。而求子並非只能於農曆正月到三月，其他月份也可求子，只是正月到三月可看到相當漂亮的牡丹花，而其他月份在媽祖的神龕上也有許多廟方準備的牡丹花，因此欲求子之民眾隨時皆可前往配天宮求子。

配天宮虎爺台灣地區的虎爺可分為地虎系統與天虎系統，一般在廟宇中看到的虎爺都是供奉於神龕底下，即為地虎。天虎即虎爺可供奉於神龕上，地位較地虎崇高，大部分也都是台灣地區虎爺的祖廟。朴子配天宮的虎爺又尊稱為「山軍尊神」，清嘉慶年間嘉慶太子遊台灣時突然遭到強盜打劫，此時突然出現一隻老虎救駕，使得嘉慶太子安然脫險。當嘉慶太子遊歷到朴子配天宮時，突然發現配天宮神龕下的虎爺與當天救駕的老虎一模一樣，便恍然大悟，原來便是配天宮虎爺蒞臨救駕。因此，便勒封配天宮的虎爺，使得配天宮虎爺成為台灣唯一身穿龍袍的虎爺，且從此之後便供奉於神桌上，配天宮虎爺也因為神通廣大，已可獨當一面，因此在台灣虎爺中地位相當崇高。一般而言，台灣的虎爺祖廟有四，即朴子配天宮、朴子龍安宮、新港奉天宮與北港朝天宮。