在「大出草」後，賽族捨去村落，遷徒至高山深處的既定角落以避戰爭，但是在糧食不足之下，部份婦女自行上吊自殺以維持子孫生計（在後來與日本軍點作的屯巴拉社的某次追擊之行中發現這個群體自殺之景象，真是非常震驚，實在是難定忘記的畫面），那些接受日本教育的生番警察最後在日本與賽族的選擇下「你是要進入日本的教堂？還是我們賽德克族祖靈的家？」，自殺身亡。日本派出三千大軍想敉平區區三百名賽族戰士，結果在整天喝酒意識消沈的領袖莫那魯道領導下！以追隨祖傳作戰方式「跟著風而行」（風即是看不見，以看不見的動作作戰）與到過日本見識過日本軍事力量後的覺醒進化的作戰概念兩者合一之下，以寡擊眾，讓日本三千大軍在山區全數被殲滅，讓日本驚覺事態嚴重 而決定派將軍率部旅大軍及重兵武器與戰機支援下前往當地平定戰亂，至此日本與賽族從此展行長期抗戰時期，初期賽族在大自然的天然屏障與悉地區環境之下，持續在對勢上佔到優勢，而讓將軍對賽族領袖莫那魯道既憎恨又敬佩，在無計可施之下，請求使用糜爛性武器，在戰機持績在高空轟炸之下，逐漸消弱賽族優秀的原始作戰能力，而逐漸扳回劣勢，讓賽族成強弓之未，最後莫那魯道讓剩餘的戰士自行決定要跟隨祖靈踏上彩虹橋或是投降，自己則負起親手執行滅族之不仁道的任務，因為「怕妳們無法承擔活下來的痛苦」（聽說賽族女子要陪日本人喝酒，常聽聞被強暴的消息）「是妳們女人成就部落的靈魂」而忍痛完成此違祖訓的罪行。在剩餘戰士盡皆上吊自殺後，領袖莫那魯道消失於高山而不不見其蹤跡，在一個原本上吊自殺的賽族馬紅．莫那想死未成而被救後，留下後代的子孫在其上山打獵之際，發現了這位賽族史上最著名的族群領袖死後的殘落屍體而結束。這部電影中有如空靈般的賽族歌曲不斷在片中高山深谷中繚繞，徹底襯托出賽德克巴萊的戰士靈魂。如同日本將軍在戰亂結東後所說「我居然在數百年後的這裏發現日本的武士精神」。