此時，Christine 正被引領穿越了陰暗的迷宮一般的在歌劇院地下的世界．他們越過了一個大湖泊，終於抵達了魅影所居住的洞穴．( The Phantom of the Opera ) 他在這兒向她說明了他教她背後的用意("I have brought you")，他是一位作曲家，而她得唱他寫的音樂，而這音樂的靈感就是來自於她的，這首“The Music of the Night”使Christine 恍如進入迷離之中在沉思，而魅影則專心地作曲，在好奇之下，她去揭開他的面具．面具被揭開時，她因害怕而倒退，此時魅影轉身憤怒地告訴她說，她從此不再有自由了．但他的憤怒又轉而成了自憐自艾，Christine 感覺到她好像也與魅影心靈交契了．而他也同意她再重返外面的世界去．
Christine 想和 Raoul 逃往一個她所知是安全的地方－－－歌劇院的屋頂．在那裡，她對他訴說在地下所發生的事情， Raoul 幾乎難以相信，但是 Christine 感到魅影甚至也追到此處． Raoul 願保護她，她投入了他的懷抱 ( All I Ask of You)．他們約定連夜逃走．正當他們計劃逃走的時候，魅影從躲著的地方現身了，因他已聽到了一切 (I Gave You My Music...)．他發誓要報仇，就在 Christine 在台上演出時，他讓屋頂上的大吊燈直向著觀眾席上掉落了下來．
第二幕：六個月之後．在化妝舞會上，所有的人慶賀新年和魅影的消失( Masquerade ) ． Raoul 和 Christine 已經訂了婚，但 Christine 一直對外嚴守秘密，而把她的訂婚戒指串在項鍊上而掛在頸子上．在宴會的高潮之際，一個奇怪的身影，身著紅色，戴著骸骨的面具， 沿巨梯而降，是魅影又回來了．他把他所寫作的新歌劇的曲譜向經理 Andre 擲去 ("Don Juan Triumphant")，而且命令必須要演出．他並且扯去了掛在 Christine 頸子上的訂婚戒指而消失了．("Your chains are still mine -- you will sing for me!"). 而在後台， Raoul 向 Giry 夫人詢問有關魅影的身份，她告訴他說：魅影是個逃脫的露天表演場的畸型人，是一個身體的畸型人，但十分聰明．他被認為已死，但實際上是活著，而且是住在歌劇院的某處． Andre 和 Firmin 陷入於恐懼中．他們並不想把魅影所寫的歌劇搬上舞台，但害怕若是不服從時的下場．而 Christine 也不想上演魅影的作品． Raoul 則想要用魅影所寫的歌劇訂下一個誘捕魅影的計謀．如果 Christine 演唱女主角，魅影定會來欣賞．要是把門鎖上，觀眾席上警衛重重，不怕魅影插翅能逃． Christine 滿心不願地答應合作． 歌手們原本在演唱不和諧的"Don Juan"曲譜時，學來困難，進展很慢．但在排演時，在鋼琴出奇神秘地很能搭配的情況之下，歌手們愈唱愈拿手．在心情混亂之下， Christine 到她父親墳前(The Graveyard)．她知道如果她能把魅影從她心中掃除，他將不再會受到魅影的威脅(Wishing You Were Somehow Here Again)．魅影也曉得，於是也出現在墓園，要贏回她的心(Wandering Child...)．他的向她催眠在 Raoul 出現時就被破滅了， Raoul 把她拖走(Bravo, Monsieur...)，而憤怒的魅影發誓對他們兩人宣戰．
在"Don Juan"初演之夜， Raoul 安排著消防人員和警察看住門禁．魅影則以取笑般喝令歌劇的開演．在歌劇的最後一場時，扮演 Don Juan的男主角被另一個歌手換上了(The Point of No Return )． Christine 曉得是魅影來了，他已入了戲了，而現在正與她在配戲．當二重唱結束之時，她從他臉上扯去面具，向大家顯示出魅影的可怕的畸型．在警方環繞之下，魅影再也逃脫不了，於是綁走了 Christine 為人質．而眾人也發現原先扮男主角的 Piangi 的屍體也被找到了． Raoul 決定要追趕上去，而 Giry 夫人也答應帶路到魅影的住處．追逐開始，魅影和 Christine 乘船渡過了地下湖泊， Raoul 則是游泳．憤怒的群眾則跟隨在後．
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