清水祖師俗名陳昭應, 法號普足, 原為宋末之抗元將軍, 幼時篤信佛教, 其祖上即為宋太祖乾德二年, 因開國有功而受封為廣海軍節度使之陳廉思公, 後又因征契丹有功加封為護國軍節度使, 鎮守邊疆。其子孫以忠孝報國傳家。至祖師時, 勢局大亂, 祖師爺亦投於文天祥之忠武軍, 與文天祥共事抗敵。
宋末國事衰微, 後國亡, 祖師爺不願屈於異族之下為臣, 所以將其子弟及部屬自首都臨安遷移至福建省泉州府, 而擇其安溪縣彭內鄉(今安溪蓬萊鄉)為開墾之地, 從此定居於此。
祖師爺將其子孫安頓之後, 即出家為僧, 周遊閩越勸化反抗異族, 事蹟敗露, 潛回故里, 告示兒孫子弟曰:「我華夏自有宋以來多受外族侵凌,鐵蹄之下不能復國,今我老矣! 汝等世世宜守吾言, 報國仇雪恥, 以安漢室。」其後世子孫於明太祖朱元璋時, 抗元舉義亦投其帳下南北征戰, 建立功勳。明太祖因感念祖師爺之教化功在國家, 特敕封為護國公, 遂於祖師爺修行之地, 立祠堂賜香田而供奉之。因祖師爺生前修行之處為「清水巖」, 故而稱其為「清水祖師」, 其祠為祖師廟。此即其稱謂之由來。
關於祖師爺的生平事蹟及由來, 在台灣有數種不同的說法, 礙於篇幅, 無法一一為讀者介紹。此處為三峽祖師廟所流傳的說法, 如果想要知道更詳細的資料, 請參閱「三峽祖師廟導覽手冊」。
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